Les campagnes d'échantillonnage (8 à 12 par filière) sont menées sur 20 mois entre mars 2022 et décembre 2023 dans plusieurs abattoirs afin de tenir compte de la diversité des bétails, de la saisonnalité, des régions et du contrôle de l'hygiène à l'abattage. Des mesures physiques à l'intérieur des abattoirs (température et humidité relative) et des prélèvements (dans les fèces, sur les carcasses, dans l'environnement de production et sur les pièces de viande) seront effectués. Les différents types d'animaux produits dans les élevages seront considérés en fonction des caractéristiques spécifiques de chaque secteur de viande. Le nombre d’animaux échantillonnés et les effectifs associés ont été établis pour chaque filière afin d'assurer une bonne représentativité des types d'animaux produits et consommés, et le cas échéant d'évaluer leur variabilité.

Pour les souches de C. perfringens, la diversité génétique des souches isolées par prélèvement est évaluée par méthode de typage moléculaire type RAPD (pour random amplified polymorphic DNA) et le toxinotype par méthode PCR ciblant les 6 gènes codant les toxines majeures (a(cpa), b(cpb), e(etx), i(iap), CPE (cpe) et NetB (netB).

Pour les souches isolées de C. difficile, le protocole technique suit les lignes directrices du Centre européen de contrôle et de prévention des maladies (ECDC) (https://www.ecdc.europa.eu/en/publications-data/laboratory-procedures-diagnosis-and-typing-human-clostridium-difficile-infection) : le PCR-Ribotype (RT) est déterminé à l'aide de la base de données WEBRIBO librement accessible (https://webribo.ages.at/) ; le toxinotype par PCR multiplex ciblant les gènes codant pour la toxine A (tcdA), la toxine B (tcdB), le régulateur négatif TcdC (tcdC) et les deux composants de la toxine binaire (cdtA et cdtB) ; la sensibilité aux antibiotiques, et en particulier à l'érythromycine (ERY), à la clindamycine (CM) à la moxifloxacine (MXF), au métronidazole (MZ), à la vancomycine (VA) et à la tétracycline (TET) est déterminée par la méthode de diffusion sur disque selon le CA-SFM 2013 (Comité de l'Antibiogramme de la Société Française de Microbiologie) (https://resapath.anses.fr/resapath_uploadfiles/files /Documents/2013_CASFM.pdf).

Une description des mesures de contrôle est réalisée dans les abattoirs de chaque filière viande participant au projet. Cet inventaire peut être réalisé par le biais d'enquêtes auprès des professionnels et en prenant en compte les informations et les données collectées dans la tâche 1 (par exemple les mesures de température et d'humidité) qui caractérisent l'environnement physique des abattoirs et des salles de découpe.

L'analyse de ces données permet de déterminer les variables clés impliquées dans les pratiques à risque des abattoirs favorisant la contamination de la viande par C. perfringens ou C. difficile. Cette analyse aidera et consolidera l'interprétation de l'ensemble des données provenant de la tâche d'attribution de la source (tâche 5). Elle permettra d'identifier les pratiques potentiellement à risque dans les secteurs favorisant ces pathogènes à l'origine d'épisodes toxiques, et si nécessaire, de proposer des modifications en les comparant à des pratiques permettant une meilleure maîtrise de ces dangers.

Suite à cette analyse, les pratiques à risque identifiées pourront être modifiées par une mise à jour de l'analyse des dangers et des recommandations pour les professionnels afin d'améliorer la surveillance et la maîtrise de C. perfringens ou C. difficile dans les abattoirs.

De plus, en se confrontant aux conditions physiques mesurées dans chaque abattoir lors de la tâche 1, une évaluation de leur impact sur l'état physiologique cellulaire des deux pathogènes est réalisée. L’objectif est de déterminer si ces conditions tendent à favoriser l'état végétatif ou sporulé des pathogènes et d’établir également les conditions favorisant leur destruction qui pourraient être appliquées dans les abattoirs.

Enfin, l’étude des effets d'un procédé exploratoire, un traitement lumineux à base de LED, sur l'élimination de C. perfringens et C. difficile (cellules végétatives et spores) des surfaces et viandes contaminées est testé. Ce procédé breveté (FR3084262A1) permet de réduire la charge microbienne par un facteur allant de 100 à 10000 en peu de temps. Il est initialement conçu pour le traitement des surfaces contaminées mais son efficacité sur la viande est évaluée dans le cadre du projet.