Dans le cadre de la gestion de la pandémie de COVID-19, la Commission Européenne recommande à tous les Etats Membres la création d'un outil opérationnel de surveillance du SARS-CoV-2 et de ses variants dans les eaux usées, pour le 1er octobre 2021.
Au niveau français, afin de renforcer la qualité du système de surveillance et d’inclure l’indicateur SARS-CoV-2 dans les eaux usées dans l’arsenal d’outils disponibles pour suivre l’épidémie de la COVID-19, le laboratoire d’hydrologie de l’Anses a été nommé laboratoire de référence sur la thématique "Surveillance du SARS-CoV-2 dans les eaux usées et les boues de station d'épuration" par le ministère des Solidarités et de la Santé et le ministère de la Transition Ecologique